HiDPIや最近の大型の画面で利用している場合にカーソルのサイズを変えたりした際にFlatpak上のアプリではカーソルの大きさに影響がないことがあります。
以下のコマンドでFlatpak側からもローカルのファイルシステムの変更が見えるようにすることで解消することがある（解消した）ので紹介しておきます（※なんでiconsを見ると「サイズ」の問題が解消するのかはわかってないですが）
flatpak --user override --filesystem=/home/$USER/.icons/:ro
flatpak --user override --filesystem=/usr/share/icons/:ro