ちょっと前のエントリーで、またまたバッテリードレイン現象が発生していると書いたのですが誤解だった模様です。
いつからこうなっていたのか、設定がiOSを入れる事でおかしくなったのかは原因は分かりませんが 起動時間＝使用時間 の現象を発生させていたのは「Dialer+」というiSPのアプリケーションだった模様です。
設定をリセットしたときにすぐにこのアプリケーションがアドレス帳だかなにかを参照しにきていたためおや？と思い削除してみたところようやく普通の状態になリました。 iOS6になってアプリケーションがiOSの情報にアクセスするのに許可を聞くようになったのでいい感じですね。
実際に「Dialer+」の設定がどうなっていたのかは記憶に無いのですがもしかしたらここの設定で「バッテリーセーブ」の箇所がOFFになっていた可能性が強いです。 同じように「使用時間＝起動時間」になっている場合、いちどこの手のバックグラウンドで稼働するタイプのアプリケーションを削除してみると良いかもしれません。